其ノ一  小次郎見参！の巻

名門白凰学院は、ライバル校・誠士館の卑劣な妨害により衰退の一途をたどっていた。
学院崩壊の危機を救うため、総長・北条姫子の命を受けた柳生蘭子は、忍びの住む風魔の里へ向かっていた。
その途中、蘭子は蜂の大群を木刀一本で叩き落す少年と出会う。その少年こそ、現代まで生き残っていた伝説の忍びの一人、風魔の小次郎だった。

蘭子と共に白凰学院に来た小次郎は、姫子を連れ去ろうとしていた誠士館のチンピラを追い払う。姫子に一目惚れした小次郎は白凰学院を守ることを約束し、手始めに女子サッカー部の試合に助っ人として出場することになった。

一方、誠士館の飛鳥武蔵は、白凰に風魔の助っ人が来たことを夜叉姫に報告する。夜叉姫は風魔と同じ忍びである夜叉一族の頭領で、誠士館を裏から操り、関東の全ての学園を支配しようとしていた。夜叉姫は、夜叉の斬り込み隊長、壬生攻介を白凰に向かわせる。
姫子にいいところを見せようとはりきる小次郎を、夜叉の忍びが狙っていた！

【監督・脚本：大岡俊彦】

其ノ二  ちいさな友達の巻

壬生が倒されたことを知った夜叉姫は、夜叉一族最強の８忍である夜叉八将軍を呼び寄せ、
負傷した壬生に変わり武蔵を司令官に任命した。

一方、小次郎は野球部の試合の援護をするために、野球場に来ていた。
風の流れを読んで選手をサポートする小次郎は、隣の病院からこちらを見つめている少女・飛鳥絵里奈に気付く。
小次郎は、病気でずっと入院している絵里奈と友達になることを約束する。
小次郎が去った病室を尋ねてくる武蔵。絵里奈は武蔵の妹だったのだ。
傭兵である武蔵が司令官になったことが気にいらない八将軍を制して、武蔵は小次郎に決闘を申し込む。
バックスクリーン裏で対決する小次郎と武蔵。だが、強力な武蔵の攻撃に小次郎は絶体絶命の危機に……。

【監督・脚本：大岡俊彦】

其ノ三  忍びの掟の巻

絶体絶命の危機を風魔兄弟に救われた小次郎は、負傷中ながらも武蔵を倒そうと息巻いていた。
竜魔は小次郎に忍びとは何なのかを突き詰めるが、小次郎には理解できない。
そんな中、姫子から誠士館とのボーリング部試合のサポートを頼まれた竜魔は、
小次郎の代わりに試合場に向かう。
妨害する下忍たちを倒した竜魔の前に、八将軍の一人・不知火が現れた！

【監督：市野龍一　脚本：伊藤崇】

其ノ四  白い羽の男の巻

柳生屋敷では、風魔の名物である項羽の悪ふざけが始まり、
勝手に動こうとする小次郎が木に縛り付けられていた。

壬生は小次郎を倒すために出撃を願い出るが、武蔵はすでに白虎を出撃させていて、
今は体を治すことに専念しろと制する。

弓道部の試合に来た白虎は、小次郎の変わりに助っ人に来た項羽と対決する。
一方、項羽の罠から抜け出して試合場に向かう小次郎の前に、復讐に燃える壬生が立ちはだかった！

【監督：市野龍一　脚本：伊藤崇】

其ノ五  贋作の巻

白羽陣で白虎を追い詰める項羽だったが、そこに紫炎が出現。
激闘の末、項羽は紫炎と相打ちになる。
生き残った白虎は、項羽の顔に化けて偽項羽となった。

一方、柳生屋敷では風魔の里から琳彪が到着していた。
白虎は柳生屋敷に潜入、寝ている小次郎を殺そうとするが、そこに項羽と同じ顔の男、小龍が現れる。
小龍は項羽の双子の弟だったが、兄・項羽が自分よりも優遇されていると思い、不満を抱いていた。

小龍の登場に焦る白虎が屋敷内の蔵を探っていると琳彪が現れる。
油断している琳彪に、白虎が襲い掛かった！

【監督：大岡俊彦　脚本：笹野 恵】

其ノ六  霧の中の巻

項羽と琳彪の死にショックを受ける小次郎。
霧風は忍びの死がどういうものなのかを諭そうとするが小次郎には理解できなかった。

一方、八将軍を三忍も失った夜叉姫は、雷電と闇鬼の二人を出撃させる。

シンクロ部の大会を護衛する風魔たち。
だが、雷電と闇鬼は水中から妨害を始め、飛び込んだ小次郎も水中での戦いに苦戦する。
その時、霧風が霧を起こし始めた……。

【監督：大岡俊彦　脚本：笹野 恵】

其ノ七  忍び、青春すの巻

白凰学院の柔道部員が事故に会い、大会に出場できなくなってしまった。
姫子から依頼を受けた竜魔は、劉鵬を柔道部の助っ人に任命する。
仕方なく助っ人にいった劉鵬だったが、部員たちは生真面目な劉鵬に好印象を持つ。
こうして劉鵬と柔道部員たちのつかの間の交流が始まった。

一方、夜叉姫は黒獅子を柔道部に派遣し、さらに武蔵に夜叉一族の切り札を渡そうとしていた！

【監督：市野龍一　脚本：伊藤 崇／河田秀二／市野龍一】

其ノ八  よみがえる聖剣伝説の巻

壬生は夜叉一族の切り札、聖剣黄金剣を奪い夜叉一族から逃走する。
絵里奈の見舞いに来た武蔵は、壬生が訪ねてきたことを聞き、壬生との出会いを思いだしていた。

一方、柳生屋敷では小次郎が木刀で石灯籠を叩き割る特訓を続けていた。
そこに黄金剣を持った壬生が現れ、小次郎に襲い掛かる。
黄金剣の驚異的な力に小次郎は苦戦する！

【監督：市野龍一　脚本：伊藤 崇】

其ノ九  誠士館は投了するか？の巻

八将軍を６忍も失い、黄金剣を壬生に持ち出されて怒る夜叉姫。
陽炎は武蔵の司令官解任を要求し、妖水と共に出撃する。

一方、小次郎は風林火山を使いこなすための特訓を始めていた。
そして将棋部の決勝試合のサポートには初の実戦となる麗羅が選ばれる。
はりきる麗羅だったが、姫子はかすかな不安を抱いていた。
実は誠士館のエース・西脇は、白凰学院から引き抜かれた生徒だったのだ。
白凰のエース・氷川は複雑な思いを抱きながらも、かつての仲間との対局に挑む。

その裏では、麗羅・小龍・霧風と陽炎・妖水との戦いが始まっていた！

【監督：大岡俊彦　脚本：笹野 恵】

其ノ十  告白の巻

風林火山の特訓を続ける小次郎は、どこか元気がない姫子をデートに誘う。
誘ったのはいいがどうすればいいか分からない小次郎は、絵里奈に相談を持ちかける。
そして絵里奈と１０年後にデートをする約束をした。

遊園地で楽しむ小次郎と姫子。
姫子は小次郎がボロボロになるまで特訓を続けていることを知り、
誠士館との戦いを止めさせようと考えていた。

一方、応援団の視察に来ていた蘭子は竜魔への思いを募らせていた。
そんな蘭子の前に復帰した竜魔が現れる……。

【監督：大岡俊彦　脚本：笹野 恵】

其ノ十一  燃やせ　命の炎をの巻

特訓の成果もあり、小次郎は徐々に風林火山を使いこなせるようになっていた。
一方、黄金剣を自在に扱えるようになっていた壬生は、一人風魔への怒りを燃やしていた。

姫子から依頼を受けた兜丸と麗羅は、パティシエ大会の護衛に来ていた。
夜叉の妨害により調理できなくなった白凰部員をフォローする麗羅。
そして兜丸の前には武蔵が現れ、二人の激闘が始まる！

【監督：市野龍一  脚本：河田秀二】

其ノ十二  決戦の巻

白凰学院に潜入した陽炎は姫子を誘拐し、偽の果たし状を風魔一族と武蔵に送りつけた。
風林火山を自分のものにした小次郎は、決着をつけるために兄弟たちと共に誠士館へ向かう。
ついに誠士館を舞台に夜叉一族と風魔一族の最終決戦が始まった。

一方、陽炎に捕らえられた姫子は夜叉姫の元にいた。夜叉姫は姫子を殺そうとするが……。

【監督・脚本：大岡俊彦】

其ノ十三  あばよ！ 風の中への巻

ついに小次郎と武蔵の最後の戦いが始まった。

姫子のために風林火山を振るう小次郎。
絵里奈のために壬生から託された黄金剣を打つ武蔵。
二人はそれぞれの思いを胸に命をかけて戦い続けていく。
しかし、武蔵の攻撃は次第に小次郎を追い詰めていった。

その頃、病院では絵里奈が危篤状態に陥っていた・・・。

【監督・脚本：大岡俊彦】